Hasta mediados del siglo XX el sector de San Diego estaba ubicado junto al llamado Camino a Chillogallo y era considerado parte de los arrabales de la ciudad, pues el crecimiento urbano hacia allí se había limitado por siglos debido a la existencia de la quebrada de Ulluguanguayaku, que fue terminada de rellenar recién en la década de 1920.

Este carácter rural fue el que atrajo a los franciscanos para construir su casa de recolección espiritual entre 1599 y 1610, trabajos que fueron dirigidos por el padre Bartolomé Rubio; teniendo una segunda etapa constructiva entre 1698 y 1734 a cargo de José de la Cruz y fray Manuel Almeyda. Siendo este último el protagonista de la leyenda del Padre Almeida, una de las más famosas que constituyen parte del patrimonio inmaterial de la ciudad.

El convento y la iglesia guardan joyas de la Escuela Quiteña de arte, una de las más famosas del continente americano durante la época hispana, entre ellas el artesonado del presbiterio y los lienzos que adornan los costados, el altar de la Virgen de Chiquinquirá y la famosa talla del Cristo crucificado por el que supuestamente se escapaba el padre Almeida cada noche, atribuido a Caspicara.

Junto a la Recoleta de San Diego se encuentra el Cementerio con el mismo nombre, inaugurado en 1872 por la Hermandad de beneficencia Funerario Nuestra Señora del Rosario, después convertida en la actual Sociedad Funeraria Nacional. El espacio se convertiría, junto con el Cementerio del Tejar en la Recoleta mercedaria, en uno de los primeros camposantos de la ciudad, rompiendo la costumbre de entierro en las iglesias.

El Cementerio, declarado patrimonio nacional en el año 2002, posee tumbas y mausoleos construidos a lo largo de sus más de 150 años de existencia, la mayoría ricamente decorados por renombrados artistas y arquitectos como Francisco y Pedro Durini, Pedro Brüning, Antonino Russo, Pietro Capurro, Luis Mideros, Rubén Vinci, entre otros.

Varios personajes importantes de la vida política y cultural del país reposan en el camposanto, como los presidentes Gonzalo Córdova, Aurelio Mosquera Narváez y José María Velasco Ibarra; los arquitectos Franz Schmidt, Giacomo Radiconcini y Antonino Russo; los mártires del alfarismo Flavio Alfaro y Ulpiano Páez; los políticos Luis Felipe Borja, José Peralta y Luis Napoleón Dillon; los empresarios Humberto Albornoz y la familia Mantilla (Diario El Comercio); así como la sufragista y educadora María Angélica Hidrobo, el geógrafo Luis Tufiño y el escritor Jorge Carrera Andrade.