El Monasterio de las Agustinas de San Juan tiene sus orígenes en Popayán, actual Colombia, donde fue fundado el 25 de marzo de 1591 por el obispo agustino fray Agustín de Coruña. La comunidad vivió pacíficamente durante 272 años hasta que las políticas anticlericales del Gral. Tomás Cipriano Mosquera las obligaron al exilio en 1863.

Tras una travesía de 109 días, las doce religiosas agustinas llegaron a Quito el 22 de noviembre de 1864, siendo acogidas por el gobierno conservador de Gabriel García Moreno. Después de una estancia inicial con las Conceptas (1864-1872), se establecieron definitivamente en la Loma de San Juan el 11 de marzo de 1877, ocupando el antiguo convento de recolección agustino del siglo XVIII.

El edificio, aparentemente construido sobre un sitio prehispánico de adoración a la luna, presenta arquitectura colonial típica con claustro cuadrado, dos niveles y ornamentación barroca. Su iglesia fue reconstruida en 1877 tras los terremotos de mediados del sigo XIX, y en 1910 fue intervenida por el padre Pedro Brüning, por lo que su estilo responde a un eclecticismo que mezcla el neoclásico y el neogótico.

Como parte del Centro Histórico de Quito, el monasterio constituye uno de los seis monasterios femeninos de clausura que definen la configuración urbana de la época hispana. Las siete religiosas actuales preservan tradiciones artesanales centenarias, produciendo repostería, medicinas naturales y artesanía religiosa, manteniendo vivo un patrimonio inmaterial de valor excepcional. Su historia de resistencia y continuidad cultural lo convierte en un testimonio fundamental de la identidad quiteña.